ในเดือนสิงหาคม 2560 รัตนากรติดทีมชาติไทยรุ่นอายุไม่เกิน 23 ปีในการแข่งขันฟุตบอลซีเกมส์ และพาทีมชนะเลิศในการแข่งขันครั้งนั้น

ในวันที่ 20 สิงหาคม พ.ศ. 2562 รัตนากรมีชื่อติดทีมชาติไทยเบื้องต้น 33 คน ในการแข่งขันฟุตบอลโลกรอบคัดเลือก นัดที่ไทยจะเปิดบ้านพบกับเวียดนามและออกไปเยือนอินโดนีเซีย[11] แต่สุดท้าย รัตนากรถูกคัดออกในรอบตัดตัวเหลือ 23 คน

ในวันที่ 28 กันยายน พ.ศ. 2562 รัตนากรมีชื่อติด ทีมชาติไทยรุ่นอายุไม่เกิน 23 ปี ในรอบเบื้องต้น 28 คน สำหรับการแข่งขันฟุตบอลชายในซีเกมส์ 2019 ที่ประเทศฟิลิปปินส์[12] ต่อมาในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2562 รัตนากร มีชื่อติดทีมชาติไทยในรอบเบื้องต้น 33 คน ในการแข่งขันฟุตบอลเอเชียเยาวชนอายุไม่เกิน 23 ปี 2020 ที่ไทยจะเป็นเจ้าภาพ[13] แต่ถูกคัดออกในรอบ 23 คนสุดท้าย